Kościół wybudowany w XIX wieku przez miejscowych ewangelików. Po wojnie przez kilka lat opuszczony, jednak społeczność Ligoty jak i okolicznych miejscowości (m. in. Brzozowca i Mikowic) przybyła w 1945 roku z okolic Otyni z dawnego województwa Stanisławowskiego przywiozła ze sobą całe wyposażenie kościoła Otyńskiego wraz z cudownym obrazem Matki Boskiej Otyńskiej. Kościół wraz z odsłonięciem cudownego obrazu został erygowany w 1957 roku.
Kilkanaście lat temu kościół otrzymał tytuł Bazyliki Mniejszej i jest miejscem pielgrzymek wiernych z Archidiecezji Wrocławskiej.